Het bestuur van Leiden-Delft-Erasmus Universities wordt gevormd door de leden van de Colleges van Bestuur van de Universiteit Leiden, TU Delft en Erasmus Universiteit Rotterdam.
Het voorzitterschap rouleert onder de voorzitters van de drie Colleges. Sinds 1 juni 2022 is prof. dr.mr. Annetje Ottow, voorzitter van het CvB van de Universiteit Leiden, voorzitter van het LDE-bestuur.
De decanen van de faculteiten van de drie universiteiten zijn nauw betrokken bij de samenwerking op het gebied van onderwijs, onderzoek en valorisatie, onder meer als leden van de stuurgroepen van de Leiden-Delft-Erasmus centres.
Stuurgroepen
Centre for Sustainability
Prof.dr. Jasper Knoester
Dr. Dirk Deichmann
Prof.drs. Aukje Hassoldt
Centre for Education and Learning
Prof.dr. Sarah de Rijcke
prof.dr. (Hub) H.A.E. Zwart
Prof.dr.ir. Lucas van Vliet
Centre for Global Heritage and Development
Prof.dr. Jan Kolen
Prof.ir. Dirk van Gameren
prof.dr. (Stijn) SL Reijnders
Centre for Governance of Migration and Diversity
prof.dr. (Victor) V.J.J.M. Bekkers
Prof. dr. Maarten van Ham
Prof.dr. Suzan Stoter
International Centre for Frugal Innovation
Prof.dr. Ruard Ganzevoort
Prof.drs. Aukje Hassoldt
Prof.dr. Mark Rutgers
Centre for Bold Cities
Prof. mr. dr. Erwin Muller
Prof.dr.ir. Caspar Chorus
Prof.dr. (Victor) V.J.J.M. Bekkers
Centre for PortCityFutures
Prof.ir. Dick van Gameren
Prof.dr. Sarah de Rijcke
Prof.dr. Martine van Selm
Programme for Space for Science and Society
Prof. dr. H.G.C. (Henri) Werij
Prof.dr. Jasper Knoester
Prof.dr. Daan Stam
Programme for Healthy Society
Prof.dr. Sarah de Rijcke
Prof.dr.ir. Caspar Chorus
Prof.dr. Maarten IJzerman
LDE Global
Prof.dr. Ruard Ganzevoort
Prof.ir. Dirk van Gameren
Prof.dr. Mark Rutgers