Het bestuur van Leiden-Delft-Erasmus Universities wordt gevormd door de leden van de Colleges van Bestuur van de Universiteit Leiden, TU Delft en Erasmus Universiteit Rotterdam.
Het voorzitterschap rouleert onder de voorzitters van de drie Colleges. Sinds 1 juni 2022 is prof. dr.mr. Annetje Ottow, voorzitter van het CvB van de Universiteit Leiden, voorzitter van het LDE-bestuur.
De decanen van de faculteiten van de drie universiteiten zijn nauw betrokken bij de samenwerking op het gebied van onderwijs, onderzoek en valorisatie, onder meer als leden van de stuurgroepen van de Leiden-Delft-Erasmus centres.
